Ayuni Safira mengisahkan ketabahan hati seorang gadis memperjuangkan nasib dirinya selepas tidak dihargai oleh ibunya sendiri. Emelda (Maria Farida) membenci anak kandungnya iaitu Ayuni Safira (Siti Saleha). Ini kerana Ayuni Safira merupakan anak luar nikah! Walaupun tidak dipedulikan oleh ibunya, Ayuni Safira tetap menyayangi ibunya. Kehadiran ayah tiri Ayuni Safira di rumah itu membuatkan dirinya tidak senang duduk. Fakir (Afiq Muiz) seorang lelaki bermata keranjang! Pernah suatu hari, ketika ibunya tidak ada di rumah, Fakir menyusup secara sembunyi memasuki bilik Ayuni Safira. Kelibat ayah tirinya membuatkan Ayuni Safira terkejut lantas melarikan diri.

Namun, tanpa di duga ketika Ayuni Safira sampai di luar bilik, wajah ibunya terpampang di depan rumah. Fakir tergesa-gesa keluar dari bilik itu dan terkejut dengan kehadiran isterinya. Semenjak hari itu, Ayuni Safira membawa diri, menumpang di rumah sahabat baiknya. Siang Ayuni Safira menghadiri kuliah, malamnya pula Ayuni Safira membuat kerja part-time sebagai pelayan kafe. Mengetahui dirinya hanya menumpang di rumah orang, Ayuni Safira tidak mahu menyusahkan sesiapa dan akan menyara yuran pengajiannya dengan bekerja separuh masa. Ibunya pula tidak pernah mengendahkan kehilangannya, semenjak dia keluar dari rumah.

Puan Sri Liana (Zarina Zainuddin) iaitu ibu kepada Zafran (Aqasha) ingin menjodohkan anaknya dengan Geena (Sasqia Dahuri). Puan Sri Liana orang yang mementingkan darjat dan kekayaan berusaha keras menyatukan Zafran bersama Geena. Geena telah lama menaruh hati terhadap Zafran, malangnya dia hanya bertepuk sebelah tangan. Berulang kali Zafran cuba menolak lembut pelawaan Geena, namun Geena tetap berdegil inginkan perhatian dari lelaki itu. Seolah-olah tidak faham, hati lelaki itu bukan untuk dirinya.

Lain yang dijodohkan, lain pula yang terjadi. Zafran nekad mengahwini Ayuni Safira. Apakah reaksi Puan Sri Liana bila anaknya Zafran mengatakan ingin mengahwini wanita pilihannya? Gadis yang mempunyai sejarah hitam. Ikhlaskah cinta Zafran pada Ayuni Safira? Adakah Ayuni Safira bakal menemui kebahagiaan bersama Zafran?